Всяка система за обратна осмоза ще бъде замърсена и се нуждае от почистване. Тъй като обикновено няма само един замърсител, когато възникне замърсяване, типичният процес на почистване обикновено включва две стъпки: почистване с ниско pH и почистване с високо pH.
Различните замърсители трябва да се почистват с различни почистващи препарати. Алкалното почистване се използва главно за отстраняване на микроорганизми или органични замърсители, а киселинното почистване се използва главно за отстраняване на котлен камък. Почистващият препарат трябва да бъде избран според вида на замърсителите и вида на мембраната, за да се избегне повреда на мембраната.
Последователността на използване на почистващите препарати трябва да се определи според действителните проблеми. Обичайната последователност на почистване е първо киселинно измиване и след това алкално измиване.
В някои случаи, ако замърсяването е главно органична материя или микроорганизми, първо може да се извърши алкално промиване, последвано от киселинно измиване и след това с алкално измиване.
Важната причина за приемането на алкално измиване като последна стъпка е, че то може напълно да отвори порите на мембраната след ецване, така че да възстанови потока на производството на вода.
