Мембранната система е проектирана въз основа на непрекъсната работа, но при действителната работа винаги ще има определена честота на стартиране и изключване. Когато мембранната система е изключена, произведената вода или предварително обработената квалифицирана вода трябва да се използва за промиване с ниско налягане, за да се замени концентрирана вода с висока концентрация, но съдържаща инхибитор на мащабаро мембранаелементи. Трябва също така да се вземат мерки за предотвратяване на изтичане на вода в системата и вкарване на въздух, тъй като ако компонентите загубят вода и изсъхнат, може да възникне необратима загуба на воден поток. Ако изключването е по-малко от 24 часа, не е необходимо да се предприемат мерки за предотвратяване на растежа на микроорганизми. Ако обаче времето на изключване надвишава гореспоменатите разпоредби, трябва да се използва защитна течност за запазване на системата или редовно измиване на мембранната система.





