Мембранната система се основава на непрекъсната работа като проектна основа, но в реална експлоатация винаги ще има определена честота на стартиране и изключване.
Когато мембранната система е изключена, пермеатната вода или предварително обработената вода трябва да се използва за промиване с ниско налягане, за да се замени концентрираната вода с висока концентрация, но съдържаща инхибитор на котлен камък от мембранния елемент. Трябва също така да се вземат мерки за предотвратяване на изтичане на вода от системата и навлизане на въздух, тъй като може да има необратима загуба на потока на пермеат, ако елементът загуби вода и изсъхне.
Ако времето за престой е по-малко от 24 часа, не са необходими мерки за предотвратяване на микробния растеж. Въпреки това, ако времето за престой надвишава гореспоменатите разпоредби, трябва да се използва защитна течност за запазване на системата или мембранната система трябва да се промива редовно.
